Leider sind Mäuse mittlerweile recht anfällig für Krankheiten, was vor allem an der Überzüchtung der Tiere liegt. Doch auch als Tierhalter hat man einen großen Einfluss auf die Gesundheit der winzigen Nager, denn viele Erkrankungen entstehen einfach durch falsche Haltung und Ernährung. Man sollte die Tiere regelmäßig beobachten, um Krankheiten möglichst frühzeitig zu erkennen. Dann muss sofort eine Behandlung einsetzen, am besten wird zuvor der Tierarzt konsultiert, denn man sollte nicht experimentieren und dadurch wertvolle Zeit verlieren.
Sollte ein Tier erkrankt sein, muss es von der Gruppe getrennt werden und sollte vor allem viel Ruhe haben. In vielen Fällen ist es sehr hilfreich, wenn man über einer Ecke der Behausung des Tieres zeitweise eine Rotlichtlampe anbringt und eventuell Vitamintropfen übers Trinkwasser zuführt.
Zu den häufigsten Erkrankungen bei Mäusen zählen der Befall der Haut durch Pilze oder Parasiten. Einen Hautpilz erkennt man vor allem an kahlen Stellen im Fell, oftmals ist die Haut gerötet und es bilden sich kleine Bläschen. Man kann die Mäuse auch häufig beobachten wie sie sich kratzen, da die Erkrankung mit einem starken Juckreiz einher geht. Ganz sicher kann ein Hautpilz jedoch nur von einem Tierarzt erkannt werden, der dann auch die entsprechende Behandlung einleitet.
Starker Juckreiz und Krusten auf der Haut können jedoch auch ein Hinweis auf Milben sein, in manchen Fällen kann man die Milben sogar sehen. Um einen Milbenbefall zu verhindern, kann man Hanfprodukte als Einlage verwenden, denn diese halten Ungeziefer ab. Diese Hanfprodukte verhindern auch einen Befall mit Läusen, der bei den Mäusen auch zu einem extremen Juckreiz führen kann.
Die Läuse und deren Eier erkennt man bereits mit bloßem Auge, sie können auch auf den Menschen übertragen werden. Die Behandlung mit einem entsprechenden Präparat, häufig ein Spray, muss lange genug erfolgen, damit auch die Läuse vernichtet werden, die noch aus den Nissen schlüpfen. Wenn das Fell der Tiere nur struppig ist, ohne dass es zu Juckreiz kommt, dann liegt meistens ein Vitaminmangel vor, dem man mit der Gabe von Vitamintropfen entgegenwirken kann.
Knochenbrüche entstehen normalerweise nur durch Stürze aus größerer Höhe, so dass sie eher selten sind. Bei so kleinen Tierchen ist eine Behandlung jedoch fast unmöglich, häufig verheilen die Brüche wieder von alleine.
Durchfall liegt meistens an falscher Ernährung mit den falschen Futtermitteln, zu viel Obst, verdorbenem Futter oder verschmutztem Wasser, auch Stress kann eine Ursache sein. Die Mäuse brauchen nun viel Ruhe und erhalten nur noch Wasser, Kräuter und Heu zum Fressen. Wenn der Durchfall sehr stark ist, muss unbedingt der Tierarzt aufgesucht werden, da eventuell eine Behandlung mit Antibiotika notwendig ist.
Zu Durchfall kann es auch bei einer Salmonellose kommen, in diesem Fall wird das Futter komplett verweigert. Da Tiere innerhalb kürzester Zeit sterben können, muss schnellstens ein Tierarzt konsultiert werden.
Mäuse bekommen nur durch starke Temperaturunterschiede oder Zugluft eine Erkältung, es kann dann immer auch zu einer Lungenentzündung kommen. Wenn es sich um einen leichten Schnupfen handelt, reicht es, für Ruhe und eine Raumtemperatur von 20 Grad zu sorgen und ein Vitaminpräparat über das Trinkwasser zu verabreichen. Sollte jedoch keine Besserung eintreten, ist umgehend der Tierarzt aufzusuchen, vor allem wenn man beim Atmen ein Pfeifen hört.
Niesen deutet nicht immer auf einen Schnupfen hin, es kann auch an der Einstreu liegen, eventuell liegt eine Allergie vor. Die Einstreu kann auch zu einer Reizung oder Entzündung der Augen führen, wenn sie staubt. Es kann jedoch auch eine so genannte Keratokonjunktivitis dahinter stecken, die bakterielle Ursachen hat, und mit Augentropfen behandelt werden muss.
Leider kommen bei Mäusen sehr häufig Tumore vor, in vielen Fällen kann man kleine Knoten unter der Haut spüren, oder man sieht die erhabenen Stellen. Nicht immer handelt es sich um einen bösartigen Tumor, doch eine Behandlung ist nahezu unmöglich, da solch ein kleines Tier eine Operation kaum überleben würde.